SKI Asy-Syifa

Health

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 2

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 2

 1.c sgRNA Design for targeting specific sequence ( contoh pada fads1 gene )

  1. menemukan sekuens pada gen yang ditarget melalui web www.ensemble.org/index.html,pilih spesies —-→mouse, pilih gen, pilih transcript dan exon, Download sekuens,  save dengan format rtf, pilihan options pada download

ada 12 exon pada fads1 gene misal kita ingin mendelete pada whole exon 6 ( sgRNA 1 pada intron sebelum exon 6 dan sgRNA 2 pada intron sesudah exon 6 )

2. buka file download sekuens menggunakan aplikasi snapgene dapat didownload melalui  www.snapgene.com

save dengan nama gen DNA

3. buka aplikasi/open file yg didownload melalui snapgene  pake fitur find, paste sekuens dari      ensemble notepad exon 1 dan exon terakhir  ,huruf kecil adalah intron, huruf besar exon) , pilih        add feature split feature isi dengan 12

4. kemudian download sekuens exon dari ensemble dan buka pada excel. Masukkan rumus penambahan panjang exon 1 ditambah awal mulai sekuens mulai pada exon 1 maka akan ketemu posisi exon 1 dan seterusnya sampai exon 12

5. masuk ke snapgene namai exon dan lokasi sekuensnya kemudian pilih translate

6. Bila kita ingin mendisrupt suatu gen di exon maka perlu mengetahui letak start codon pada             exon ( ensemble ) kemudian find di aplikasi snapgen  sebelum  lokasi start kodon ( edit    feature  start codon yang ada pada awal exon) adjust .

Cocokkan proteinnya dengan yang di start kodon sampai sesuai ( tetapi pada contoh in karena      kita memilih di intron          jadi      tinggal pilih sekuens pada intron di ensemble )

7.selanjutnya buka web BROADINSTITUTE sgRNA designer di web masukkan sekuens pada  intron sebelum exon 6 maksimal 4 kb ( sekuens yang ingin di modifikasi ) untuk menentukan guide RNA   yang paling     efektif dan efisien ( menghindari off target).

https://portals.broadinstitute.org/gpp/public/analysis-tools/sgrna-design

masukkan sekuens yang tadi disini kemudian Submit~

kemudian buka web casoffinder ( untuk menilai off target nya )

http://www.rgenome.net/cas-offinder/ pilih mus musculus

masukkan ke kolom kosong kemudian submit dan kita nilai menggunakan excel

Masukkan Rumus = Countifs(crRNA kolom pada halaman off target tadi, sgRNA sekuens sel pada halaman sgRNA “NGG”, Mismatches kolom pada halaman offtarget, mismatch number pada halaman sgRNA     . Cari yang off targetnya sedikit . Done

Selamat! Barakallahufiikum..

 

Artikel ini ditulis oleh dr. Seto Priyambodo, M.Sc

Tinggalkan Balasan

Recent Posts

DIET UNTUK PENDERITA DM

Hiperglikemi merupakan suatu kondisi peningkatan kadar glukosa dalam darah melebihi batas normal. Hiperglikemia adalah salah satu tanda khas pada orang diabetes mellitus (DM). Hal yang menjadi perhatian pada penderita DM adalah makanan atau nutrisi harian, yang akan mempengaruhi kadar glukosa darahnya. Prinsip pengaturan makan pada  penyandang DM hamper sama dengan anjuran makan untuk masyarakat umum, […]

Kekurangan cairan saat berpuasa? Ini solusinya!

Tak terasa kita sudah memasuki bulan puasa, apa saja sih yang sudah teman-teman persiapkan untuk menjaga kesehatan dalam berpuasa ? Kita perlu tau nih ternyata ada banyak hal yang perlu kita siapkan agar ibadah puasa kita berjalan lancar dan optimal, yaitu salah satunya adalah sahur. Sahur merupakan kegiatan makan dan minum rutin kita pada saat […]

Yuk Intip, Apa Saja Makna Dan Tujuan Berpuasa!

Bulan Ramadhan sudah di depan mata, get yourself ready! Bulan Ramadhan ini adalah bulan yang penuh berkah dan tentu saja sudah dinanti-nantikan oleh seluruh umat muslim. Bukan hanya sekedar banyaknya diskon-diskon pakaian, makanan yang beraneka ragam atau moment berkumpul dengan keluarga saja. Lebih dari itu semua, banyak banget hal yang bisa kita dapatkan di bulan […]

Event SKI Asy-Syifa

no event