SKI Asy-Syifa

Health

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 2

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 2

 1.c sgRNA Design for targeting specific sequence ( contoh pada fads1 gene )

  1. menemukan sekuens pada gen yang ditarget melalui web www.ensemble.org/index.html,pilih spesies —-→mouse, pilih gen, pilih transcript dan exon, Download sekuens,  save dengan format rtf, pilihan options pada download

ada 12 exon pada fads1 gene misal kita ingin mendelete pada whole exon 6 ( sgRNA 1 pada intron sebelum exon 6 dan sgRNA 2 pada intron sesudah exon 6 )

2. buka file download sekuens menggunakan aplikasi snapgene dapat didownload melalui  www.snapgene.com

save dengan nama gen DNA

3. buka aplikasi/open file yg didownload melalui snapgene  pake fitur find, paste sekuens dari      ensemble notepad exon 1 dan exon terakhir  ,huruf kecil adalah intron, huruf besar exon) , pilih        add feature split feature isi dengan 12

4. kemudian download sekuens exon dari ensemble dan buka pada excel. Masukkan rumus penambahan panjang exon 1 ditambah awal mulai sekuens mulai pada exon 1 maka akan ketemu posisi exon 1 dan seterusnya sampai exon 12

5. masuk ke snapgene namai exon dan lokasi sekuensnya kemudian pilih translate

6. Bila kita ingin mendisrupt suatu gen di exon maka perlu mengetahui letak start codon pada             exon ( ensemble ) kemudian find di aplikasi snapgen  sebelum  lokasi start kodon ( edit    feature  start codon yang ada pada awal exon) adjust .

Cocokkan proteinnya dengan yang di start kodon sampai sesuai ( tetapi pada contoh in karena      kita memilih di intron          jadi      tinggal pilih sekuens pada intron di ensemble )

7.selanjutnya buka web BROADINSTITUTE sgRNA designer di web masukkan sekuens pada  intron sebelum exon 6 maksimal 4 kb ( sekuens yang ingin di modifikasi ) untuk menentukan guide RNA   yang paling     efektif dan efisien ( menghindari off target).

https://portals.broadinstitute.org/gpp/public/analysis-tools/sgrna-design

masukkan sekuens yang tadi disini kemudian Submit~

kemudian buka web casoffinder ( untuk menilai off target nya )

http://www.rgenome.net/cas-offinder/ pilih mus musculus

masukkan ke kolom kosong kemudian submit dan kita nilai menggunakan excel

Masukkan Rumus = Countifs(crRNA kolom pada halaman off target tadi, sgRNA sekuens sel pada halaman sgRNA “NGG”, Mismatches kolom pada halaman offtarget, mismatch number pada halaman sgRNA     . Cari yang off targetnya sedikit . Done

Selamat! Barakallahufiikum..

 

Artikel ini ditulis oleh dr. Seto Priyambodo, M.Sc

Tinggalkan Balasan

Recent Posts

JANGAN PERNAH PUTUS ASA DALAM BERDOA

Allâh Azza wa Jalla berfirman: وَقَالَ رَبُّكُمُ ادْعُونِي أَسْتَجِبْ لَكُمْ ۚ إِنَّ الَّذِينَ يَسْتَكْبِرُونَ عَنْ عِبَادَتِي سَيَدْخُلُونَ جَهَنَّمَ دَاخِرِينَ Dan Rabbmu berfirman:“Berdo’alah kepada-Ku, niscaya akan Ku-perkenankan bagimu. Sesungguhnya orang-orang yang menyombongkan diri dari beribadah kepada-Ku (berdo’a kepada-Ku) akan masuk neraka Jahannam dalam keadaan hina dina. [Al-Mu’min/Ghafir/40: 60].gi Imam Sufyan ats-Tsauri rahimahullah mengatakan bawha makna ayat […]

Setiap amalan tergantung pada niat

Dari Amirul Mukminin, Abu Hafsh ‘Umar bin Al-Khattab radhiyallahu ‘anhu, ia berkata bahwa ia mendengar Rasulullah shallallahu ‘alaihi wa sallam bersabda, إنَّمَا الأعمَال بالنِّيَّاتِ وإِنَّما لِكُلِّ امريءٍ ما نَوَى فَمَنْ كَانَتْ هِجْرَتُهُ إلى اللهِ ورَسُولِهِ فهِجْرَتُهُ إلى اللهِ ورَسُوْلِهِ ومَنْ كَانَتْ هِجْرَتُهُ لِدُنْيَا يُصِيْبُها أو امرأةٍ يَنْكِحُهَا فهِجْرَتُهُ إلى ما هَاجَرَ إليه .ِ“Sesungguhnya setiap amalan […]

Kebiasaan sebelum dan setelah bangun tidur Rasulullah

dari Hudzaifah bin Al Yaman berikut ini. Beliau radhiallahu ‘anhu mengatakan: كان النبيُّ صلَّى اللهُ عليهِ وسلَّمَ إذا أخذ مضجعه من الليلِ قال : ( اللهم باسمك أموت وأحيا ) . فإذا استيقظ قال : ( الحمد للهِ الذي أحيانا بعد ما أماتنا وإليه النشورُ ) “Biasanya Rasulullah Shallallahu’alaihi Wasallam ketika berbaring di tempat berbaringnya […]

“Semangat Menuntut Ilmu”

ومن سلك طريقا يلتمس فيه علما سهل الله له به طريقا إلى الجنة “Barangsiapa yang berjalan untuk menuntut ilmu, maka Allah akan memudahkan baginya jalan ke surga.” (HR. Muslim). Ilmu adalah perkara yang sangat penting dalam kehidupan. Ketika manusia hidup di dunia dia membutuhkan ilmu pengetahuan. Maka dari itulah, kemuliaan seseorang terletak pada ilmu yang dia […]

Keutamaan Bersedekah

Terdapat ratusan dalil yang menceritakan keberuntungan, keutamaan, kemuliaan orang-orang yang bersedekah. Diantara keutamaan bersedekah antara lain: Sedekah dapat menghapus dosa. Rasulullah shallallahu ‘alaihi wa sallam bersabda: والصدقة تطفىء الخطيئة كما تطفىء الماء النار “Sedekah dapat menghapus dosa sebagaimana air memadamkan api.” (HR. Tirmidzi, di shahihkan Al Albani dalam Shahih At Tirmidzi, 614) Diampuninya dosa di […]

TANTANGAN DAKWAH DI ERA MILENIAL

Assallammu’alaikum wa rohmatullahi wa barokatuh… Marilah kita bersyukur kepada Allah ‘Azza wa Jalla atas nikmat dan kesempatan yang telah Allah berikan kepada kita semua, sehingga Alhamdulillah anda bisa membaca artikel ini dan saya pun Alhamdulillah masih bisa diberikan  kesempatan  untuk menulis artikel ini, kedua kalinya tak lupa kita haturkan sholawat serta salam kepada junjungan nabi […]

BIOGRAFI SINGKAT ILMUWAN DOKTER MUSLIM YANG MEMILIKI PENGARUH BESAR TERHADAP ILMU PENGETAHUAN

Assallammu’alaikumwarahmatullahiwabarakatuh, halo sahabat iman, terkhusus untuk sahabat kedokteran, kali ini kita akan membahas tentang biografi singkat dari ilmuwan kedoteran yang memiliki pengaruh besar terhadap ilmu pengetahuan, kira-kira sudah pada tahu belum niih??? Langung aja yuk simak tulisan berikut ini. Islam pernah mengalami kejayaan pada era 780M- 1258 M. Pada masa ini para ilmuwan memberikan banyak […]

DIET UNTUK PENDERITA DM

Hiperglikemi merupakan suatu kondisi peningkatan kadar glukosa dalam darah melebihi batas normal. Hiperglikemia adalah salah satu tanda khas pada orang diabetes mellitus (DM). Hal yang menjadi perhatian pada penderita DM adalah makanan atau nutrisi harian, yang akan mempengaruhi kadar glukosa darahnya. Prinsip pengaturan makan pada  penyandang DM hamper sama dengan anjuran makan untuk masyarakat umum, […]

KADAR SEMANGAT IBADAH MASIH NAIK TURUN? APA YANG SEBAIKNYA YANG PERLU DIKOREKSI?

Assallammu’alaikum Warohmatullahi Wabarokatuh… Saudaraku… Dalam beribadah seringkali kita mengalami gundah gulana, kadang kala kita semangat, kadang kalapun lemas melemas menjadi malas. Wajarkah? Hmmmm wajar-wajar saja karena kita manusia, yang memilliki kadar keimanan yang naik turun, hal ini dijelaskan dalam dalam Al-Qur’an surah Al-Ahzab ayat 22 yang artinya “Dan itulah yang menambah iman mereka dan ketundukan”(Qs. […]

Event SKI Asy-Syifa

no event