SKI Asy-Syifa

Health

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 1

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 1

Kegiatan ini berupa materi kuliah dari prof Shu Wa lin mengenai dasar-dasar gen targeting dan bagaimana mendesain sgRNA pada CRISPR cas9 supaya efektif dan efisien dalam melakukan gene editing. Kegiatan dilakukan di ruang kuliah dan ruang Laboratorium komputer bagian perpustakaan NTUH/ National Taiwan University lantai 4. Materi Kuliah diberikan satu hari   sebelum praktek di laboratorium komputer. Berikut materi dan bagaimana kegiatan praktek desain sgRNA di lakukan

Materi dan praktek (28-29 /11/17)

  1. Gene targeting

Bagaimana mendapatkan target spesifik pada gen yang akan diedit?

Masalah utama pada gen editing adalah berupa random integration sehingga gen yang di target tidak dapat termodifikasi sesuai yang diharapkan. Hal tersebut diminimalkan di atasi dengan dua macam metode yaitu  : ES (Embryonic stem cell dan CRISPR cas9)

 

Di NTUH  kedua sistem tersebut yang di pakai/ rutin digunakan untuk modifikasi genetik , CRISPR cas9 digunakan terutama untuk modifikasi gen-gen yang tidak terlalu besar sedangkan untuk modifikasi gen-gen yang besar masih menggunakan ES cell based . Ada 2 sistem enzim utama yang digunakan untuk targeting yaitu cre-loxp ( pada ES cell based) dan CRISPR cas9    , keduanya merupakan sitem enzim pada bacteriophage dan  bakteri.

1.a ES stem cell based ( Cre-loxp )

Cre adalah  recombinase yaitu enzim yang akan mengenali lokus gen pada loxp sites ( gambar panah  pada gambar di bawah)  kemudian  memotong dan memodifikasi/menggabungkan  hasil potongan setelah loxp site terpotong ( tergantung arah susunan loxp, forward/ reverse)

Kemudian dengan meletakkan gen Neo diantara dua lox p serta gen tk setelahnya maka dapat      dilakukan             seleksi kultur mana yang positif / viable (menggunakan antibiotik neomycin dan   ganyclovir) —-→             mengalami homologus            recombination

Dibawah ini adalah susunan yang kita konstruk sebagai targeting vektor

Kultur stem cell yang berhasil mengalami homologus recombination ( stem cell yang sudah berhasil di modifikasi genetik) dilakukan genotyping menggunakan southern blotting       kemudian dimasukkan ke dalam blastocyst secara in vitro kemudian dimasukkan kembali   dalam uterus tikus

1.b. CRISPR cas9

CRISPR cas9  memotong DNA pada target spesifik ( menggunakan caspase 9—–→ akan memotong pada 3 basa sebelum NGG / PAM sekuens) yang dipandu oleh susunan sgRNA ( guide RNA) pada CRISPR cas9 kompleks .Dengan mendesain sgRNA sequence kita dapat menentukan sekuen gen mana yang  di targetkan untuk dipotong.

Dengan menggunakan CRISPR hasil yang didapat bisa Non homologus end joining atau dapat juga homologus recombinatian. Dua hal tersebut dapat digunakan untuk memodifikasi gen sesuai yang kita inginkan ( contoh mendisrupsi gen melalui delesi pada exon / insersi ).

Kita juga dapat menyisipkan lox p sekuens pada desain kontruk sesuai tujuan . Selain itu kita juga bisa menyusun dan menyisipkan sekuen DNA untuk proses  repair /ssDNa

 

bersambung ke part 2…

Artikel ini ditulis oleh dr. Seto Priyambodo, M.Sc

Tinggalkan Balasan

Recent Posts

JANGAN PERNAH PUTUS ASA DALAM BERDOA

Allâh Azza wa Jalla berfirman: وَقَالَ رَبُّكُمُ ادْعُونِي أَسْتَجِبْ لَكُمْ ۚ إِنَّ الَّذِينَ يَسْتَكْبِرُونَ عَنْ عِبَادَتِي سَيَدْخُلُونَ جَهَنَّمَ دَاخِرِينَ Dan Rabbmu berfirman:“Berdo’alah kepada-Ku, niscaya akan Ku-perkenankan bagimu. Sesungguhnya orang-orang yang menyombongkan diri dari beribadah kepada-Ku (berdo’a kepada-Ku) akan masuk neraka Jahannam dalam keadaan hina dina. [Al-Mu’min/Ghafir/40: 60].gi Imam Sufyan ats-Tsauri rahimahullah mengatakan bawha makna ayat […]

Setiap amalan tergantung pada niat

Dari Amirul Mukminin, Abu Hafsh ‘Umar bin Al-Khattab radhiyallahu ‘anhu, ia berkata bahwa ia mendengar Rasulullah shallallahu ‘alaihi wa sallam bersabda, إنَّمَا الأعمَال بالنِّيَّاتِ وإِنَّما لِكُلِّ امريءٍ ما نَوَى فَمَنْ كَانَتْ هِجْرَتُهُ إلى اللهِ ورَسُولِهِ فهِجْرَتُهُ إلى اللهِ ورَسُوْلِهِ ومَنْ كَانَتْ هِجْرَتُهُ لِدُنْيَا يُصِيْبُها أو امرأةٍ يَنْكِحُهَا فهِجْرَتُهُ إلى ما هَاجَرَ إليه .ِ“Sesungguhnya setiap amalan […]

Kebiasaan sebelum dan setelah bangun tidur Rasulullah

dari Hudzaifah bin Al Yaman berikut ini. Beliau radhiallahu ‘anhu mengatakan: كان النبيُّ صلَّى اللهُ عليهِ وسلَّمَ إذا أخذ مضجعه من الليلِ قال : ( اللهم باسمك أموت وأحيا ) . فإذا استيقظ قال : ( الحمد للهِ الذي أحيانا بعد ما أماتنا وإليه النشورُ ) “Biasanya Rasulullah Shallallahu’alaihi Wasallam ketika berbaring di tempat berbaringnya […]

“Semangat Menuntut Ilmu”

ومن سلك طريقا يلتمس فيه علما سهل الله له به طريقا إلى الجنة “Barangsiapa yang berjalan untuk menuntut ilmu, maka Allah akan memudahkan baginya jalan ke surga.” (HR. Muslim). Ilmu adalah perkara yang sangat penting dalam kehidupan. Ketika manusia hidup di dunia dia membutuhkan ilmu pengetahuan. Maka dari itulah, kemuliaan seseorang terletak pada ilmu yang dia […]

Keutamaan Bersedekah

Terdapat ratusan dalil yang menceritakan keberuntungan, keutamaan, kemuliaan orang-orang yang bersedekah. Diantara keutamaan bersedekah antara lain: Sedekah dapat menghapus dosa. Rasulullah shallallahu ‘alaihi wa sallam bersabda: والصدقة تطفىء الخطيئة كما تطفىء الماء النار “Sedekah dapat menghapus dosa sebagaimana air memadamkan api.” (HR. Tirmidzi, di shahihkan Al Albani dalam Shahih At Tirmidzi, 614) Diampuninya dosa di […]

TANTANGAN DAKWAH DI ERA MILENIAL

Assallammu’alaikum wa rohmatullahi wa barokatuh… Marilah kita bersyukur kepada Allah ‘Azza wa Jalla atas nikmat dan kesempatan yang telah Allah berikan kepada kita semua, sehingga Alhamdulillah anda bisa membaca artikel ini dan saya pun Alhamdulillah masih bisa diberikan  kesempatan  untuk menulis artikel ini, kedua kalinya tak lupa kita haturkan sholawat serta salam kepada junjungan nabi […]

BIOGRAFI SINGKAT ILMUWAN DOKTER MUSLIM YANG MEMILIKI PENGARUH BESAR TERHADAP ILMU PENGETAHUAN

Assallammu’alaikumwarahmatullahiwabarakatuh, halo sahabat iman, terkhusus untuk sahabat kedokteran, kali ini kita akan membahas tentang biografi singkat dari ilmuwan kedoteran yang memiliki pengaruh besar terhadap ilmu pengetahuan, kira-kira sudah pada tahu belum niih??? Langung aja yuk simak tulisan berikut ini. Islam pernah mengalami kejayaan pada era 780M- 1258 M. Pada masa ini para ilmuwan memberikan banyak […]

DIET UNTUK PENDERITA DM

Hiperglikemi merupakan suatu kondisi peningkatan kadar glukosa dalam darah melebihi batas normal. Hiperglikemia adalah salah satu tanda khas pada orang diabetes mellitus (DM). Hal yang menjadi perhatian pada penderita DM adalah makanan atau nutrisi harian, yang akan mempengaruhi kadar glukosa darahnya. Prinsip pengaturan makan pada  penyandang DM hamper sama dengan anjuran makan untuk masyarakat umum, […]

KADAR SEMANGAT IBADAH MASIH NAIK TURUN? APA YANG SEBAIKNYA YANG PERLU DIKOREKSI?

Assallammu’alaikum Warohmatullahi Wabarokatuh… Saudaraku… Dalam beribadah seringkali kita mengalami gundah gulana, kadang kala kita semangat, kadang kalapun lemas melemas menjadi malas. Wajarkah? Hmmmm wajar-wajar saja karena kita manusia, yang memilliki kadar keimanan yang naik turun, hal ini dijelaskan dalam dalam Al-Qur’an surah Al-Ahzab ayat 22 yang artinya “Dan itulah yang menambah iman mereka dan ketundukan”(Qs. […]

Event SKI Asy-Syifa

no event