SKI Asy-Syifa

Health

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 1

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 1

Kegiatan ini berupa materi kuliah dari prof Shu Wa lin mengenai dasar-dasar gen targeting dan bagaimana mendesain sgRNA pada CRISPR cas9 supaya efektif dan efisien dalam melakukan gene editing. Kegiatan dilakukan di ruang kuliah dan ruang Laboratorium komputer bagian perpustakaan NTUH/ National Taiwan University lantai 4. Materi Kuliah diberikan satu hari   sebelum praktek di laboratorium komputer. Berikut materi dan bagaimana kegiatan praktek desain sgRNA di lakukan

Materi dan praktek (28-29 /11/17)

  1. Gene targeting

Bagaimana mendapatkan target spesifik pada gen yang akan diedit?

Masalah utama pada gen editing adalah berupa random integration sehingga gen yang di target tidak dapat termodifikasi sesuai yang diharapkan. Hal tersebut diminimalkan di atasi dengan dua macam metode yaitu  : ES (Embryonic stem cell dan CRISPR cas9)

 

Di NTUH  kedua sistem tersebut yang di pakai/ rutin digunakan untuk modifikasi genetik , CRISPR cas9 digunakan terutama untuk modifikasi gen-gen yang tidak terlalu besar sedangkan untuk modifikasi gen-gen yang besar masih menggunakan ES cell based . Ada 2 sistem enzim utama yang digunakan untuk targeting yaitu cre-loxp ( pada ES cell based) dan CRISPR cas9    , keduanya merupakan sitem enzim pada bacteriophage dan  bakteri.

1.a ES stem cell based ( Cre-loxp )

Cre adalah  recombinase yaitu enzim yang akan mengenali lokus gen pada loxp sites ( gambar panah  pada gambar di bawah)  kemudian  memotong dan memodifikasi/menggabungkan  hasil potongan setelah loxp site terpotong ( tergantung arah susunan loxp, forward/ reverse)

Kemudian dengan meletakkan gen Neo diantara dua lox p serta gen tk setelahnya maka dapat      dilakukan             seleksi kultur mana yang positif / viable (menggunakan antibiotik neomycin dan   ganyclovir) —-→             mengalami homologus            recombination

Dibawah ini adalah susunan yang kita konstruk sebagai targeting vektor

Kultur stem cell yang berhasil mengalami homologus recombination ( stem cell yang sudah berhasil di modifikasi genetik) dilakukan genotyping menggunakan southern blotting       kemudian dimasukkan ke dalam blastocyst secara in vitro kemudian dimasukkan kembali   dalam uterus tikus

1.b. CRISPR cas9

CRISPR cas9  memotong DNA pada target spesifik ( menggunakan caspase 9—–→ akan memotong pada 3 basa sebelum NGG / PAM sekuens) yang dipandu oleh susunan sgRNA ( guide RNA) pada CRISPR cas9 kompleks .Dengan mendesain sgRNA sequence kita dapat menentukan sekuen gen mana yang  di targetkan untuk dipotong.

Dengan menggunakan CRISPR hasil yang didapat bisa Non homologus end joining atau dapat juga homologus recombinatian. Dua hal tersebut dapat digunakan untuk memodifikasi gen sesuai yang kita inginkan ( contoh mendisrupsi gen melalui delesi pada exon / insersi ).

Kita juga dapat menyisipkan lox p sekuens pada desain kontruk sesuai tujuan . Selain itu kita juga bisa menyusun dan menyisipkan sekuen DNA untuk proses  repair /ssDNa

 

bersambung ke part 2…

Artikel ini ditulis oleh dr. Seto Priyambodo, M.Sc

Tinggalkan Balasan

Recent Posts

Kekurangan cairan saat berpuasa? Ini solusinya!

Tak terasa kita sudah memasuki bulan puasa, apa saja sih yang sudah teman-teman persiapkan untuk menjaga kesehatan dalam berpuasa ? Kita perlu tau nih ternyata ada banyak hal yang perlu kita siapkan agar ibadah puasa kita berjalan lancar dan optimal, yaitu salah satunya adalah sahur. Sahur merupakan kegiatan makan dan minum rutin kita pada saat […]

Yuk Intip, Apa Saja Makna Dan Tujuan Berpuasa!

Bulan Ramadhan sudah di depan mata, get yourself ready! Bulan Ramadhan ini adalah bulan yang penuh berkah dan tentu saja sudah dinanti-nantikan oleh seluruh umat muslim. Bukan hanya sekedar banyaknya diskon-diskon pakaian, makanan yang beraneka ragam atau moment berkumpul dengan keluarga saja. Lebih dari itu semua, banyak banget hal yang bisa kita dapatkan di bulan […]

Kegiatan Kesmas Al-Wafi 2018

Transfusi darah adalah kegiatan dalam membantu penyembuhan manusia ketika kadar darah dalam tubuh dibawah yang seharusnya. Menyumbangkan darah kepada orang lain yang amat membutuhkannya menurut kesepakatan para ahli fikih termasuk dalam kerangka tujuan syariat Islam, yaitu menghindarkan salah satu bentuk kemudaratan yang akan menimpa diri seseorang. Meskipun pada hakikatnya darah yang dikeluarkan dari tubuh manusia […]

Event SKI Asy-Syifa

no event