SKI Asy-Syifa

Health

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 2

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 2

 1.c sgRNA Design for targeting specific sequence ( contoh pada fads1 gene )

  1. menemukan sekuens pada gen yang ditarget melalui web www.ensemble.org/index.html,pilih spesies —-→mouse, pilih gen, pilih transcript dan exon, Download sekuens,  save dengan format rtf, pilihan options pada download

ada 12 exon pada fads1 gene misal kita ingin mendelete pada whole exon 6 ( sgRNA 1 pada intron sebelum exon 6 dan sgRNA 2 pada intron sesudah exon 6 )

2. buka file download sekuens menggunakan aplikasi snapgene dapat didownload melalui  www.snapgene.com

save dengan nama gen DNA

3. buka aplikasi/open file yg didownload melalui snapgene  pake fitur find, paste sekuens dari      ensemble notepad exon 1 dan exon terakhir  ,huruf kecil adalah intron, huruf besar exon) , pilih        add feature split feature isi dengan 12

4. kemudian download sekuens exon dari ensemble dan buka pada excel. Masukkan rumus penambahan panjang exon 1 ditambah awal mulai sekuens mulai pada exon 1 maka akan ketemu posisi exon 1 dan seterusnya sampai exon 12

5. masuk ke snapgene namai exon dan lokasi sekuensnya kemudian pilih translate

6. Bila kita ingin mendisrupt suatu gen di exon maka perlu mengetahui letak start codon pada             exon ( ensemble ) kemudian find di aplikasi snapgen  sebelum  lokasi start kodon ( edit    feature  start codon yang ada pada awal exon) adjust .

Cocokkan proteinnya dengan yang di start kodon sampai sesuai ( tetapi pada contoh in karena      kita memilih di intron          jadi      tinggal pilih sekuens pada intron di ensemble )

7.selanjutnya buka web BROADINSTITUTE sgRNA designer di web masukkan sekuens pada  intron sebelum exon 6 maksimal 4 kb ( sekuens yang ingin di modifikasi ) untuk menentukan guide RNA   yang paling     efektif dan efisien ( menghindari off target).

https://portals.broadinstitute.org/gpp/public/analysis-tools/sgrna-design

masukkan sekuens yang tadi disini kemudian Submit~

kemudian buka web casoffinder ( untuk menilai off target nya )

http://www.rgenome.net/cas-offinder/ pilih mus musculus

masukkan ke kolom kosong kemudian submit dan kita nilai menggunakan excel

Masukkan Rumus = Countifs(crRNA kolom pada halaman off target tadi, sgRNA sekuens sel pada halaman sgRNA “NGG”, Mismatches kolom pada halaman offtarget, mismatch number pada halaman sgRNA     . Cari yang off targetnya sedikit . Done

Selamat! Barakallahufiikum..

 

Artikel ini ditulis oleh dr. Seto Priyambodo, M.Sc

Tinggalkan Balasan

Recent Posts

Air Zamzam dengan Segudang Manfaat Didalamnya

Jabir bin Abdullah radhiallahu anhu meriwayatkan bahwa Rasulullah shallahu ‘alaihi wassalam bersabda, “Air zamzam  mendatangkan khasiat dengan niat untuk apa air itu diminum”. (HR. Ibnu Majah) Ibnu Abbas radhiallahu anhu menambahkan dalam riwayatnya, “Air zamzam memenuhi tujuan untuk apa ia diminum; jika engkau meminumnya dengan niatan untuk menyembuhkan penyakitmu, Allah akan menyembuhkan penyakitmu dan jika […]

Dibalik Kebaikan Donor Darah

  donor/do·nor/ n  1 penderma; pemberi sumbangan; 2 penderma darah (yang menyumbangkan darahnya untuk menolong orang lain yang memerlukan): — darah. Donor darah merupakan istilah yang sudah tidak asing lagi di telinga kita. Darah yang telah didonorkan ini kemudian akan ditransfusikan kepada orang yang membutuhkan. Transfusi darah bertujuan untuk mengembalikan darah yang hilang misalnya saat operasi atau pada cedera parah. […]

Api yang Berbeda

Ya dia adalah Bilal, seseorang yang sontak membuat geger penyelenggaraan Ospek waktu itu. bagaimana tidak, dia satu-satunya maba yang berani menentang senior, karena sikap senior yang tidak bisa diterima. Di saat kami dimarah-marah oleh senior, kami hanya bisa diam dan menundukkan kepala, tetapi tidak dengan dia, dia berani mengatakan salah jika salah dan menunjukkan benar […]

Event SKI Asy-Syifa

no event