SKI Asy-Syifa

Health

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 2

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 2

 1.c sgRNA Design for targeting specific sequence ( contoh pada fads1 gene )

  1. menemukan sekuens pada gen yang ditarget melalui web www.ensemble.org/index.html,pilih spesies —-→mouse, pilih gen, pilih transcript dan exon, Download sekuens,  save dengan format rtf, pilihan options pada download

ada 12 exon pada fads1 gene misal kita ingin mendelete pada whole exon 6 ( sgRNA 1 pada intron sebelum exon 6 dan sgRNA 2 pada intron sesudah exon 6 )

2. buka file download sekuens menggunakan aplikasi snapgene dapat didownload melalui  www.snapgene.com

save dengan nama gen DNA

3. buka aplikasi/open file yg didownload melalui snapgene  pake fitur find, paste sekuens dari      ensemble notepad exon 1 dan exon terakhir  ,huruf kecil adalah intron, huruf besar exon) , pilih        add feature split feature isi dengan 12

4. kemudian download sekuens exon dari ensemble dan buka pada excel. Masukkan rumus penambahan panjang exon 1 ditambah awal mulai sekuens mulai pada exon 1 maka akan ketemu posisi exon 1 dan seterusnya sampai exon 12

5. masuk ke snapgene namai exon dan lokasi sekuensnya kemudian pilih translate

6. Bila kita ingin mendisrupt suatu gen di exon maka perlu mengetahui letak start codon pada             exon ( ensemble ) kemudian find di aplikasi snapgen  sebelum  lokasi start kodon ( edit    feature  start codon yang ada pada awal exon) adjust .

Cocokkan proteinnya dengan yang di start kodon sampai sesuai ( tetapi pada contoh in karena      kita memilih di intron          jadi      tinggal pilih sekuens pada intron di ensemble )

7.selanjutnya buka web BROADINSTITUTE sgRNA designer di web masukkan sekuens pada  intron sebelum exon 6 maksimal 4 kb ( sekuens yang ingin di modifikasi ) untuk menentukan guide RNA   yang paling     efektif dan efisien ( menghindari off target).

https://portals.broadinstitute.org/gpp/public/analysis-tools/sgrna-design

masukkan sekuens yang tadi disini kemudian Submit~

kemudian buka web casoffinder ( untuk menilai off target nya )

http://www.rgenome.net/cas-offinder/ pilih mus musculus

masukkan ke kolom kosong kemudian submit dan kita nilai menggunakan excel

Masukkan Rumus = Countifs(crRNA kolom pada halaman off target tadi, sgRNA sekuens sel pada halaman sgRNA “NGG”, Mismatches kolom pada halaman offtarget, mismatch number pada halaman sgRNA     . Cari yang off targetnya sedikit . Done

Selamat! Barakallahufiikum..

 

Artikel ini ditulis oleh dr. Seto Priyambodo, M.Sc

Tinggalkan Balasan

Recent Posts

MEDICAL QURBAN FEST 1439H – Fakultas Kedokteran Universitas Mataram

[Medical Qurban Fest 1439 H] Assalamualaikum Ikhwahfillah… Panitia Qurban Fakultas Kedokteran Universitas Mataram menerima dan menyalurkan hewan qurban kepada KORBAN GEMPA LOMBOK… Pemilihan hewan qurban dapat dilihat pada poster di atas. Bagi yang ingin mendaftar dapat menghubungi: – Chairul (085274959906) – Tiara (087754844610) No. Rekening: 2690283461 TIARA KUSUMA DN SAWENGI BCA KCP PRAYA Mari berbagi […]

Ingin Kulit Bersih Setiap Saat? Berwudhulah

Kulit adalah organ tubuh terbesar yang terdiri dari epidermis, dermis, dan aksesoris, seperti rambut, kuku, sebasea (kelenjar minyak), dan kelenjar keringat. Sekitar 10 partikel tersebar ke kulit dari udara setiap harinya dan sekitar 10% kulit kita mengandung bakteri. Karena kulit terus terpapar oleh lingkungan sekitar, kulit memainkan peran penting dalam melindungi tubuh kita dari patogen […]

Bagaimana Metabolisme Tubuh Kita Saat Puasa?

  Puasa merupakan ibadah yang biasa dilaksanakan oleh umat Islam, baik itu puasa wajib maupun sunnah. Puasa tidak hanya semata – mata sebagai ibadah, namun juga melatih kita untuk menahan hawa nafsu dan meningkatkan ketaatan kita kepada Allah subhanahu wa ta’ala. Bulan lalu umat Islam telah melaksanakan ibadah wajib puasa Ramadhan selama sebulan penuh, kemudian […]

Event SKI Asy-Syifa

no event