SKI Asy-Syifa

Health

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 2

CRISPR cas 9 sgRNA design untuk gen targeting/editing PART 2

 1.c sgRNA Design for targeting specific sequence ( contoh pada fads1 gene )

  1. menemukan sekuens pada gen yang ditarget melalui web www.ensemble.org/index.html,pilih spesies —-→mouse, pilih gen, pilih transcript dan exon, Download sekuens,  save dengan format rtf, pilihan options pada download

ada 12 exon pada fads1 gene misal kita ingin mendelete pada whole exon 6 ( sgRNA 1 pada intron sebelum exon 6 dan sgRNA 2 pada intron sesudah exon 6 )

2. buka file download sekuens menggunakan aplikasi snapgene dapat didownload melalui  www.snapgene.com

save dengan nama gen DNA

3. buka aplikasi/open file yg didownload melalui snapgene  pake fitur find, paste sekuens dari      ensemble notepad exon 1 dan exon terakhir  ,huruf kecil adalah intron, huruf besar exon) , pilih        add feature split feature isi dengan 12

4. kemudian download sekuens exon dari ensemble dan buka pada excel. Masukkan rumus penambahan panjang exon 1 ditambah awal mulai sekuens mulai pada exon 1 maka akan ketemu posisi exon 1 dan seterusnya sampai exon 12

5. masuk ke snapgene namai exon dan lokasi sekuensnya kemudian pilih translate

6. Bila kita ingin mendisrupt suatu gen di exon maka perlu mengetahui letak start codon pada             exon ( ensemble ) kemudian find di aplikasi snapgen  sebelum  lokasi start kodon ( edit    feature  start codon yang ada pada awal exon) adjust .

Cocokkan proteinnya dengan yang di start kodon sampai sesuai ( tetapi pada contoh in karena      kita memilih di intron          jadi      tinggal pilih sekuens pada intron di ensemble )

7.selanjutnya buka web BROADINSTITUTE sgRNA designer di web masukkan sekuens pada  intron sebelum exon 6 maksimal 4 kb ( sekuens yang ingin di modifikasi ) untuk menentukan guide RNA   yang paling     efektif dan efisien ( menghindari off target).

https://portals.broadinstitute.org/gpp/public/analysis-tools/sgrna-design

masukkan sekuens yang tadi disini kemudian Submit~

kemudian buka web casoffinder ( untuk menilai off target nya )

http://www.rgenome.net/cas-offinder/ pilih mus musculus

masukkan ke kolom kosong kemudian submit dan kita nilai menggunakan excel

Masukkan Rumus = Countifs(crRNA kolom pada halaman off target tadi, sgRNA sekuens sel pada halaman sgRNA “NGG”, Mismatches kolom pada halaman offtarget, mismatch number pada halaman sgRNA     . Cari yang off targetnya sedikit . Done

Selamat! Barakallahufiikum..

 

Artikel ini ditulis oleh dr. Seto Priyambodo, M.Sc

Tinggalkan Balasan

Recent Posts

Kegiatan Kesmas Al-Wafi 2018

Transfusi darah adalah kegiatan dalam membantu penyembuhan manusia ketika kadar darah dalam tubuh dibawah yang seharusnya. Menyumbangkan darah kepada orang lain yang amat membutuhkannya menurut kesepakatan para ahli fikih termasuk dalam kerangka tujuan syariat Islam, yaitu menghindarkan salah satu bentuk kemudaratan yang akan menimpa diri seseorang. Meskipun pada hakikatnya darah yang dikeluarkan dari tubuh manusia […]

7 Cara Menenangkan Hati

Selama manusia hidup, kesenangan dan kesedihan selalu bergantian mengisi hari-hari. Permasalahan yang terus-menerus datang, baik itu ringan maupun berat, akan memberikan dampak pada hati seseorang. Ketika dihadapkan dengan masalah, manusia sering menghindarinya. Namun, dengan menghindari masalah yang dimiliki, hati akan merasa tidak tenang. Dalam Islam, kita diajarkan cara untuk membuat hati menjadi tenang dan selalu […]

Tutur Kata yang Baik

Saudaraku.. Mungkin dari kita sering atau suka menggunakan kata-kata yang tidak baik. Kata dusta. Kata hinaan. Serta ujaran kebencian. Kata-kata tersebut diucapkan baik saat bercanda, atau sedang serius, marah, dan sebagainya. Ada pula yang mengatakannya demi memuaskan diri saja. Atau ingin menjatuhkan suatu tokoh yang terkenal. Wahai saudaraku, apakah baik sikap muslim seperti itu ? […]

Event SKI Asy-Syifa

no event